Czy od faktur nieprzesłanych do KSeF można odliczyć podatek VAT? Analiza prawna i praktyczna w świetle reformy e-fakturowania

Rewolucja w e-fakturowaniu zbliża się nieuchronnie. Począwszy od 1 lutego 2026 roku najwięksi podatnicy podatku od towaru i usług, u których wartość sprzedaży przekroczyła w 2024 roku kwotę 200 mln zł brutto, zaczną obowiązkowo wystawiać faktury ustrukturyzowane przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur. Na kolejnym etapie (od 1 kwietnia 2026 roku), takie faktury wystawiać będą zasadniczo pozostałe podmioty – jedynie mikropodatnicy nazywani przez Ministerstwo Finansów „wykluczonymi cyfrowo”, wejdą w powyższy obowiązek od 1 stycznia 2027 roku (przy założeniu, że nie przekroczą wcześniej w żadnym miesiącu kwoty sprzedaży udokumentowanej fakturami w wysokości 10.000 zł brutto).

W praktyce, w obiegu dokumentów w 2026 roku będą funkcjonować zarówno faktury ustrukturyzowane, jak i faktury nieposiadające tej formy. Skutkiem powyższego w sposób naturalny u podatników mogą pojawiać się wątpliwości w zakresie prawa do odliczenia podatku VAT od takich faktur oraz momentu odliczenia.

Warto zatem zastanowić się, czy po wejściu w życie KSeF podatnik może być pozbawiony prawa do odliczenia VAT od faktur, które zostały wystawione bez wymaganej formy, a także jaką datę należałoby przyjąć za datę otrzymania.

Podstawowe zasady odliczenia VAT – czy będą zmiany od przyszłego roku?

Zgodnie z treścią art. 86 ust. 1 ustawy o VAT (dalej: uVAT), podatnikowi, o którym mowa w art. 15, przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych.

Zasadniczo kwotę podatku naliczonego stanowi suma kwot podatku wynikających z faktur otrzymanych przez podatnika z tytułu: nabycia towarów i usług lub dokonania całości lub części zapłaty przed nabyciem towaru lub wykonaniem usługi. Podatnik zaś (w myśl art. 86 ust. 10 uVAT), uzyskuje powyższe uprawnienie w rozliczeniu za okres, w którym w odniesieniu do nabytych lub importowanych przez podatnika towarów i usług powstał obowiązek podatkowy. Zgodnie natomiast z art. 86 ust. 10b pkt 1 przywołanej ustawy, prawo to powstaje nie wcześniej niż w rozliczeniu za okres, w którym podatnik otrzymał fakturę.

Jednocześnie w art. 88 uVAT określone zostały przesłanki negatywne, których zaistnienie może pozbawić podatnika prawa do odliczenia podatku VAT.

Istotne natomiast jest to, że w stanie prawnym obowiązującym od przyszłego roku, w powołanych powyżej przepisach nie pojawi się żadna zmiana, co w praktyce będzie oznaczało dla podatników, iż tak jak do tej pory w celu uznania danego dokumentu za dający (lub nie) prawo do odliczenia istotne będzie wyłącznie precyzyjne określenie:

  • daty obowiązku podatkowego,
  • daty otrzymania faktury oraz
  • braku negatywnych przesłanek wymienionych w art. 88 uVAT.

Dopiero po kumulatywnym ich wypełnieniu pojawi się możliwość odliczenia podatku naliczonego przez podatnika VAT.

Moment wystawienia i otrzymania faktury po nowemu – bądź czujny w przypadku faktur ustrukturyzowanych

Wraz z wejściem w życie obowiązkowego e-fakturowania 1 lutego 2026 roku, w ustawie o VAT pojawią się odrębne regulacje odnoszące się do określenia momentu wystawienia i odebrania faktury ustrukturyzowanej. W odniesieniu do faktur online, dla określenia daty wystawienia faktury kluczowa będzie, zgodnie z art. 106na ust. 1 uVAT, data przesłania faktury do KSeF. Pod tym pojęciem zgodnie z wyjaśnieniami Ministerstwa Finansów, rozumieć należy zainicjowanie wysyłki pliku w ramach otwartej sesji i jego rejestracja na bramce.

  • Jeśli plik jest poprawny, to otrzyma numer KSeF.
  • Jeśli plik posiada jakieś błędy, to system odrzuci go i faktura nie zostanie wystawiona. W takich okolicznościach trzeba go poprawić i wysłać ponownie.

Jeżeli natomiast chodzi o datę otrzymania faktury, to jest nią (w myśl art. 106na ust. 3 uVAT), dzień przydzielenia w Krajowym Systemie e-Faktur numeru identyfikującego tę fakturę (dzień nadania tej fakturze numeru KSeF). Data ta jest widoczna dla odbiorcy e-faktury w systemie w czasie rzeczywistym.

Już na tym etapie pojawiają się pytania:

  • Czy opóźnienie w przesłaniu faktury skutkuje przesunięciem momentu odliczenia VAT na kolejny okres rozliczeniowy?
  • Jak określić ten moment?
  • Czy zawsze będzie to data nadania numeru KSeF?

Udzielenie na nie odpowiedzi będzie możliwe dopiero po wskazaniu drugiego z mechanizmów wystawiania faktur, a mianowicie wystawiania faktur w trybie offline i określonej przepisami prawa daty otrzymania.

Tryb offline i faktury wystawiane poza systemem

Rozwiązania przewidziane w ustawie odnoszą się do wystawiania faktur w sytuacji:

  • niedostępności KSeF związanej z zaplanowanymi pracami serwisowymi tego systemu,
  • awarii KSeF (ogłaszanej w komunikacie i za pośrednictwem interfejsu),
  • awarii systemu (ogłaszanej w środkach społecznego przekazu),
  • braku możliwości wystawienia e-faktury przez podatnika – tzw. tryb offline24.

Zasadniczo w takich przypadkach za datę wystawienia faktury uznaje się datę, o której mowa w art. 106e ust. 1 pkt 1 uVAT, czyli wskazaną przez podatnika na tej fakturze. Natomiast za datę jej otrzymania datę przydzielenia numeru identyfikującego tę fakturę w Krajowym Systemie e-Faktur, o ile nie dotyczy podmiotów wskazanych w art. 106gb ust. 4 uVAT (np. konsumentów czy podmiotów zagranicznych).

Przepisy określają zatem w sposób precyzyjny, którą z dat uznać za datę otrzymania faktury. Co ważne w przypadku faktury offline, będzie ona stanowiła (zgodnie ze stanowiskiem zaprezentowanym przez Ministerstwo Finansów w uzasadnieniu do projektu ustawy) pełnoprawną fakturę, którą następnie podatnik będzie zobowiązany opatrzyć kodem weryfikującym i przekazać nabywcy w sposób z nim uzgodniony.

Co z fakturami wystawionymi poza KSeF? Czy istnieje prawo do odliczenia VAT?

Wątpliwości podatników w zakresie prawa do odliczenia VAT mogą pojawić się także w przypadku, w którym pomimo obowiązku wystawienia faktur ustrukturyzowanych, podatnik otrzyma fakturę wystawioną w dotychczasowej formie (papierowej czy elektronicznej).

W tym zakresie organy podatkowe zgadzają się z podatnikami, iż taka faktura wystawiona poza KSeF, mimo ciążącego na podatniku obowiązku, nie pozbawia nabywcy prawa do odliczenia VAT, o ile transakcja jest rzeczywista i spełnia inne warunki ustawowe. Za powyższym twierdzeniem przemawia również fakt, iż art. 88 uVAT wśród przypadków, w których podatnik został pozbawiony prawa do odliczenia kwoty podatku naliczonego, nie wymienia sytuacji odnoszącej się do faktur dokumentujących nabycie towarów i usług, wystawionych wbrew obowiązkowi, bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur. Brak przesłanek negatywnych dla faktur poza KSeF potwierdza, że odpowiedzialność za przesłanie faktury spoczywa na wystawcy.

Stanowisko organów podatkowych

Pogląd ten znajduje swoje potwierdzenie w licznych interpretacjach Dyrektora Krajowej Informacji Podatkowej, m.in:

  • nr 0114-KDIP1-3.4012.838.2024.1.MPA z 4 marca 2025 r.,
  • nr 0113-KDIPT1-3.4012.833.2025.2.ALN z 13 października 2025 r.,
  • 0112-KDIL1-3.4012.596.2023.3.KK z 19 marca 2024 r.,
  • nr 0112-KDIL1-3.4012.2.2024.2.KK z 21 marca 2024 r.

Organy podkreślają w głównej mierze, iż skoro żaden przepis ustawy o VAT nie nakazuje nabywcy dokonywania weryfikacji zasadności wystawienia przez sprzedającego faktury w danej postaci, to nie istnieje ryzyko pozbawienia podatnika prawa do odliczenia VAT, o ile pozostałe warunki jak związek z prowadzoną działalnością czy rzeczywisty przebieg transakcji zostaną zachowane. Wystawienie faktury bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur nie powoduje, że wadliwie wystawiony dokument nie stanowi dowodu istnienia prawa do odliczenia podatku naliczonego. Żaden przepis ustawy o VAT nie nakazuje nabywcy dokonywania weryfikacji zasadności wystawiania przez sprzedającego faktury w określonej postaci np. zaistnienia okoliczności uniemożliwiających wystawienie faktury przy użyciu KSeF (awaria, niedostępność KSeF czy inna przyczyna).

Jedyne skutki negatywne w tych okolicznościach przewidziane zostały wobec wystawy faktury. Na takiego podatnika, zgodnie z art. 106ni ust. 1 uVAT, w sytuacji niewystawienia (mimo obowiązku) faktury przy użyciu KSeF, może być nałożona kara pieniężna (zgodnie z przepisami epizodycznymi kary będą nakładane od 1 stycznia 2027 roku)

Podsumowanie

O prawidłowości faktur wystawianych i otrzymywanych przez podatników powinny decydować przede wszystkim ustalenia, czy dokumenty te potwierdzają rzeczywiste transakcje handlowe między określonymi podmiotami. W przypadku, w którym obrocie prawnym pojawią się faktury wystawione wbrew obowiązkowi, bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur, nie będą one powodowały utraty prawa do odliczenia podatku naliczonego.

Co to oznacza dla Ciebie i Twojej organizacji?

  • Faktura wystawiona poza KSeF – mimo obowiązku – nadal pozwala na odliczenie VAT, o ile transakcja jest rzeczywista.
  • Odpowiedzialność za przesłanie faktury do KSeF spoczywa na wystawcy, a nie na nabywcy.
  • Dla celów odliczenia VAT kluczowe pozostają: data powstania obowiązku podatkowego, data otrzymania faktury i brak przesłanek z art. 88 uVAT.
  • System KSeF wprowadza nowe zasady ustalania momentu wystawienia i otrzymania faktury – szczególnie istotne przy fakturach w trybie offline.
  • Sankcje finansowe za brak wystawienia faktury w KSeF dotyczyć będą jedynie wystawcy faktury i zaczną obowiązywać od 1 stycznia 2027 r.
  • Warto już teraz przygotować procesy księgowe i systemy ERP do pracy w środowisku KSeF, aby uniknąć błędów i opóźnień w rozliczeniach VAT.

Artykuł napisany przez:

Agnieszka Sadowska

Doradca podatkowy (nr wpisu 11914), absolwentka Wydziału Prawa i Administracji Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu oraz Wydziału Finansów i Rachunkowości Wyższej Szkoły Bankowej w Toruniu. Posiada ponad 15 – letnie doświadczenie zawodowe związane z prawem podatkowym. Początki swojej kariery zaczynała jako pracownik administracji skarbowej, m.in. w urzędzie skarbowym oraz w Krajowej Informacji Skarbowej. Obecnie jako in-house kieruje działem podatków jednej z większych spółek giełdowych z branży finansowej, a od 2013 roku prowadzi własną kancelarię doradztwa podatkowego. Doświadczony wykładowca, realizujący od 2011 roku z pasją szkolenia z zakresu prawa podatkowego (głównie podatek od towarów i usług oraz podatki dochodowe) dla firm szkoleniowych oraz Wyższej Szkoły Bankowej. Wyróżniona przez Stowarzyszenie Księgowych srebrną odznaką za zasłużenie dla środowiska księgowych.

Czy od faktur nieprzesłanych do KSeF można odliczyć podatek VAT? Analiza prawna i praktyczna w świetle reformy e-fakturowania
Zagraniczne jednostki kontrolowane (CFC) – czy Twoja zagraniczna spółka podlega opodatkowaniu w Polsce?
KSeF w pigułce: obowiązki, wyjątki i terminy do zapamiętania
Nowy wyższy limit zwolnienia podmiotowego od podatku VAT od 1 stycznia 2026 roku

Kurs VAT od Podstaw

Jedyny taki kurs w Polsce, prowadzony przez doradcę podatkowego.

Przejdź do treści